Ortaçağ Avrupasında Skolastik Felsefe olarak adlandırılan anlayış Kilise’ye bağlı okullar aracılığı ile yaygınlaştırıldı. Bu anlayışın tek savunucusu Kilise’nin toplum üzerinde baskıları akıllara durgunluk verecek seviyeye ulaştı. Skolastik felsefede dinin ve bilimin otoritesi olarak Kilise görüldü ve din ile bilimi bağdaştırma çabası temel düşünce haline geldi.  Kilise inancın olduğu gibi bilimin kurallarını ve sınırlarını belirleyen tek yetkili kurum oldu. Hal böyle olunca hem insani değerler, hem de bilim açısından Ortaçağ Avrupası karanlık bir dönem yaşadı. Aynı dönemde Müslüman dünyasında bilimsel çalışmalar göz kamaştırırken.  Diğer taraftan da zaman zaman bilimin savunucuları olduğunu söyleyenler toplumun inanç değerlerinin karşısına dikildi. Bilim adı altında gerçekleştirilen uygulamalarla insani dramlara yol açıldı. Örneğin “doğada güçsüzün elenmesi” kuralı bilimin bir emriymiş gibi insan toplumlarında denendi ve bu uygulama Hitler’in yaptığı gibi tarihin değişik dönemlerinde insani dramlara yol açtı. Bu dramların suçlusu olarak bilim gösterildi ve toplumun büyük kesimi bilime ve bilim insanına karşı mesafeli olmaya başladı.

Bilim ile dini bağdaştırma veya çatıştırma çabası insanlık için ihtiyaç olan hem dine hem de bilime zarar verir. Her ikisinin de toplum için önemli olduğunu kabul etmekle birlikte, her ikisi arasındaki metodolojik farkları da görmek gerekir. Dinde yenilik ve düzeltme mümkün değilken, bilimde mümkündür. Dinin doğrulama kaynağı farklı iken bilimin gözlemdir. Din inanmaya dayanırken bilim sınanabilir metodolojiyi kullanır. Metodolojisi ve hedefleri farklı olan din ve bilimi birbirine rakip gösterme veya bir kabul etme çabası sapla samanı karıştırmaktır.

Burada akla gelebilecek “ inançlı bir kimse bilim insanı olamaz mı?” sorusunun cevabı; kesinlikle inançlı bir kişi pekâlâ iyi bir bilim adamı olabilir olacaktır. Zira hem Müslüman hem de Hristiyan dünyasında ünlü bilim insanlarının çoğu inançlı kişiliği ile de öne çıkmıştır. Bilim-din ilişkisinde asıl sorun, bilim insanının inançlı olup olamayacağı değildir. Sorun, bir kesimin dinin sınırlarını belirlemede bilimsel yönteme başvurması,  diğer kesimin de bilimsel anlayışı inanç kurallarına göre şekillendirilmeye çalışılmasıdır.

Son tahlilde; güçlü olan tarafın diğerine saldırması veya tarafların bir diğerinin sınırlarını belirlemeye çalışması veya her ikisini aynı kefeye koyma çabası hem inancımıza zarar verir hem de bilimsel anlamda gelişmemizi engeller.  Bilim tarihi konu ile ilgili gerekli dersleri çıkarabileceğimiz onlarca örnekle doludur.